Kaupungin ylin päättävä elin on kaupunginvaltuusto. Närpiön kaupunginvaltuustossa on 35 jäsentä, jotka valitaan neljän vuoden toimikaudeksi. Valtuusto puolestaan valitsee jäsenet moniin muihin kaupungin päättäviin elimiin, kuten kaupunginhallitukseen ja lautakuntiin. Kaupunginhallituksella on keskeinen asema, koska se johtaa kaupungin toimintaa ja vastaa kaupungin hallinnosta ja taloudesta sekä kaupunginvaltuuston päätösten valmistelusta ja täytäntöönpanosta.
Närpiön kaupungissa on seitsemän lautakuntaa. Kaupunginhallituksella ja lautakunnilla on lisäksi jaostoja.
Kaupungilla on myös vaikuttamistoimielimiä: vanhusneuvosto, vammaisneuvosto ja nuorisovaltuusto.